Cellosaurus JIMT-1 (CVCL_2077)
Cell line name | JIMT-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | JIMT1; JIMT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_2077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: JIMT-1 (RRID:CVCL_2077) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: GrayJW breast cancer cell line panel. Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Characteristics: ER-negative. Has amplified ERBB2 and is insensitive to trastuzumab (Herceptin) (PubMed=15634652). Doubling time: ~30-40 hours (DSMZ=ACC-589); 35.39 hours (GrayJW panel). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Array-based CGH. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep proteome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=25960936
Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Breast ductal carcinoma (NCIt: C4017) Derived from metastatic site: Pleural effusion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 62Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): AddexBio; Cosmic-CLP; DSMZ; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2346643/wiki/62255 https://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=15634652; DOI=10.1158/1535-7163.1585.3.12 PubMed=17334996; DOI=10.1002/gcc.20438 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003 PubMed=24176112; DOI=10.1186/gb-2013-14-10-r110 PubMed=25960936; DOI=10.4161/21624011.2014.954893 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=26055192; DOI=10.1021/acs.jproteome.5b00375 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3 PubMed=31978347; DOI=10.1016/j.cell.2019.12.023 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections | AddexBio; C0006005/50
DSMZ; ACC-589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | Cell_Model_Passport; SIDM01037
Cosmic-CLP; 1298157 DepMap; ACH-000711 DSMZCellDive; ACC-589 LINCS_HMS; 51118 LINCS_LDP; LCL-1482 SLKBase; 3562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0004312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473040
BioSample; SAMN10989571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL4295430
ChEMBL-Targets; CHEMBL4296443 GDSC; 1298157 PharmacoDB; JIMT1_702_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_2077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54898927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0005388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-2706
ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM155212 GEO; GSM274696 GEO; GSM274707 GEO; GSM783975 GEO; GSM827173 GEO; GSM847393 GEO; GSM847489 GEO; GSM887183 GEO; GSM888256 GEO; GSM1172971 GEO; GSM1172878 GEO; GSM1374578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 1348959
Cosmic; 2165010 IARC_TP53; 28224 LiGeA; CCLE_176 Progenetix; CVCL_2077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD000691
PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 EGA; EGAS00001002554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 21-Mar-2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 39 |