Cellosaurus CAL-54 (CVCL_1111)
Cell line name | CAL-54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | CAL 54; CAL54; Centre Antoine Lacassagne-54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: CAL-54 (RRID:CVCL_1111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: TCGA-110-CL cell line panel. Population: Caucasian. Doubling time: 35 +- 2 hours (Note=At 14th passage) (PubMed=8868943); ~72 hours (DSMZ=ACC-365). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Genomics; DNA methylation analysis. Omics: Genomics; Whole exome sequencing. Omics: Phenotyping; Drug screening. Omics: Proteomics; Quantitative. Omics: Transcriptomics; Microarray. Omics: Transcriptomics; RNAseq. Omics: Variations; SNP array analysis. Derived from site: Metastatic; Pleural effusion; UBERON=UBERON_0000175. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Renal cell carcinoma (NCIt: C9385) Renal cell carcinoma (ORDO: Orphanet_217071) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 75Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP=910952; DSMZ=ACC-365; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=8868943 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28489074; DOI=10.1038/ncomms15165; PMCID=PMC5436135 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=31395879; DOI=10.1038/s41467-019-11415-2; PMCID=PMC6687785 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | DSMZ; ACC-365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0002186
cancercelllines; CVCL_1111 Cell_Model_Passport; SIDM00932 Cosmic-CLP; 910952 DepMap; ACH-000457 DSMZCellDive; ACC-365 IGRhCellID; CAL54 LINCS_LDP; LCL-1757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473166
BioSample; SAMN10988487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308346
ChEMBL-Targets; CHEMBL1075412 GDSC; 910952 PharmacoDB; CAL54_173_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_1111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54808409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0002125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-38
ArrayExpress; E-MTAB-783 ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM886910 GEO; GSM887976 GEO; GSM1669653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 910952
IARC_TP53; 21212 LiGeA; CCLE_129 Progenetix; CVCL_1111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 10-Apr-2025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 38 |