Cellosaurus HCC1954 (CVCL_1259)
Cell line name | HCC1954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | HCC-1954; Hamon Cancer Center 1954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: HCC1954 (RRID:CVCL_1259) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: JWGray breast cancer cell line panel. Part of: ICBP43 breast cancer cell line panel. Part of: KuDOS 95 cell line panel. Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Population: East Indian. Doubling time: 45 hours (PubMed=25984343); 43.81 hours (JWGray panel). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Array-based CGH. Omics: H2BK120ub ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K23ac ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K27ac ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K27me3 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K36me3 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K4me1 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K4me3 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K79me2 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K9ac ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H3K9me3 ChIP-seq epigenome analysis. Omics: H4K8ac ChIP-seq epigenome analysis. Omics: CNV analysis. Omics: CRISPR phenotypic screen. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Glycoproteome analysis by proteomics. Omics: Hi-C chromosome conformation analysis. Omics: miRNA expression profiling. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: shRNA library screening. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Breast; UBERON=UBERON_0000310. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=25960936
Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Breast ductal carcinoma (NCIt: C4017) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hierarchy | Children:
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Originate from same individual | CVCL_1260 ! HCC1954 BL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 61Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): ATCC=CRL-2338; Cosmic-CLP=749709; PubMed=25877200; PubMed=28889351; Technion Genomics Center Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://www.cellosaurus.org/pawefish/BreastCellLineDescriptions/HCC1954.html http://dpsc.ccbr.utoronto.ca/cancer/get_cellline.pl?cellline=HCC1954 https://lincs.hms.harvard.edu/resources/reagents/icbp43/ http://www.utsouthwestern.edu/edumedia/edufiles/about_us/admin_offices/technology_development/available_technologies/cell-lines.pdf https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2346643/wiki/62255 https://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=9833771; DOI=10.1002/(SICI)1097-0215(19981209)78:6<766::AID-IJC15>3.0.CO;2-L PubMed=11314036; DOI=10.1038/sj.onc.1204211 PubMed=16959974; DOI=10.1126/science.1133427 PubMed=17157791; DOI=10.1016/j.ccr.2006.10.008; PMCID=PMC2730521 PubMed=17932254; DOI=10.1126/science.1145720 PubMed=19582160; DOI=10.1371/journal.pone.0006146; PMCID=PMC2702084 PubMed=20070913; DOI=10.1186/1471-2407-10-15; PMCID=PMC2836299 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=21378333 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=22585861; DOI=10.1158/2159-8290.CD-11-0224; PMCID=PMC5057396 PubMed=23151021; DOI=10.1186/1471-2164-13-619; PMCID=PMC3546428 PubMed=23601657; DOI=10.1186/bcr3415; PMCID=PMC3672661 PubMed=23637631; DOI=10.1371/journal.pgen.1003464; PMCID=PMC3636093 PubMed=24094812; DOI=10.1016/j.ccr.2013.08.020; PMCID=PMC3931310 PubMed=24162158; DOI=10.1007/s10549-013-2743-3; PMCID=PMC3832776 PubMed=24176112; DOI=10.1186/gb-2013-14-10-r110; PMCID=PMC3937590 PubMed=25960936; DOI=10.4161/21624011.2014.954893; PMCID=PMC4355981 PubMed=25984343; DOI=10.1038/sdata.2014.35; PMCID=PMC4432652 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005; PMCID=PMC5501076 PubMed=28287265; DOI=10.1021/acs.jproteome.6b00470; PMCID=PMC5557415 PubMed=28889351; DOI=10.1007/s10549-017-4496-x PubMed=29273624; DOI=10.1101/gr.226019.117; PMCID=PMC5793780 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=30971826; DOI=10.1038/s41586-019-1103-9 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=31978347; DOI=10.1016/j.cell.2019.12.023; PMCID=PMC7339254 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | ATCC; CRL-2338
BCRJ; 0280 KCLB; 9S1954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0003647
cancercelllines; CVCL_1259 Cell_Model_Passport; SIDM00872 Cosmic-CLP; 749709 DepMap; ACH-000859 IGRhCellID; HCC1954 LINCS_HMS; 50213 LINCS_LDP; LCL-1332 Lonza; 1357 SLKBase; 3543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0005368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473018
BioSample; SAMN10987850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308107
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Encyclopedic resources | Wikidata; Q54881618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0001175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 749709
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Proteomic databases | PRIDE; PXD002486
PRIDE; PXD005339 PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 10-Sep-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 49 |