Cellosaurus COLO 680N (CVCL_1131)
Cell line name | COLO 680N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Synonyms | COLO-680N; COLO #680N; COLO680N; Colorado 680N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: COLO 680N (RRID:CVCL_1131) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Population: African American. Characteristics: Established from a nude mice xenograft. Doubling time: ~60 hours (CLS=300464); ~60-70 hours (DSMZ=ACC-182). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: CRISPR phenotypic screen. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Esophagus; UBERON=UBERON_0001043. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HLA typing | Source: PubMed=26589293
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease | Esophageal squamous cell carcinoma (NCIt: C4024) Squamous cell carcinoma of the esophagus (ORDO: Orphanet_99977) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 57Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): CLS=300464; Cosmic-CLP=906817; DSMZ=ACC-182; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=30971826; DOI=10.1038/s41586-019-1103-9 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | CLS; 300464
DSMZ; ACC-182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0002573
CLDB; cl866 cancercelllines; CVCL_1131 Cell_Model_Passport; SIDM00956 Cosmic-CLP; 906817 DepMap; ACH-000717 DSMZCellDive; ACC-182 LINCS_LDP; LCL-1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03471044
BioSample; SAMN03473366 BioSample; SAMN10988482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308724
ChEMBL-Targets; CHEMBL1075427 GDSC; 906817 PharmacoDB; COLO680N_228_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_1131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54814135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0006373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM827548 GEO; GSM886945 GEO; GSM888012 GEO; GSM1669689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 906817
IARC_TP53; 21236 LiGeA; CCLE_092 Progenetix; CVCL_1131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 38 |