Cellosaurus CaR-1 (CVCL_1116)
Cell line name | CaR-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | CaR1; CAR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: CaR-1 (RRID:CVCL_1116) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: AstraZeneca Colorectal cell line (AZCL) panel. Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Population: Japanese. Doubling time: 46 hours (CelloPub=CLPUB00026); ~55 hours (Note=Lot 110598), ~32 hours (Note=Lot 01232012) (JCRB=JCRB0207). Microsatellite instability: Stable (MSS) (PubMed=25926053; Sanger). Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep proteome analysis. Omics: Deep quantitative phosphoproteome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Caution: TP53 mutation indicated incorrectly as being at c.701A>G in PubMed=9290701. Derived from site: Metastatic; Left inguinal lymph node; UBERON=UBERON_0001542. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Rectal adenocarcinoma (NCIt: C9383) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 70Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP=924108; JCRB=JCRB0207; PubMed=25877200; PubMed=25926053 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | CLPUB00026 PubMed=9290701; DOI=10.1002/(SICI)1098-2744(199708)19:4<243::AID-MC5>3.0.CO;2-D PubMed=16418264; DOI=10.1073/pnas.0510146103; PMCID=PMC1327731 PubMed=18258742; DOI=10.1073/pnas.0712176105; PMCID=PMC2268141 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=20606684; DOI=10.1038/sj.bjc.6605780; PMCID=PMC2920028 PubMed=23272949; DOI=10.1186/1755-8794-5-66; PMCID=PMC3543849 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=25926053; DOI=10.1038/ncomms8002 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28854368; DOI=10.1016/j.celrep.2017.08.010; PMCID=PMC5583477 PubMed=29101300; DOI=10.15252/msb.20177701; PMCID=PMC5731344 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | JCRB; JCRB0207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0009955
cancercelllines; CVCL_1116 Cell_Model_Passport; SIDM00488 ColonAtlas; CAR1 Cosmic-CLP; 924108 DepMap; ACH-002345 LINCS_LDP; LCL-1288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0003131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03472863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308100
ChEMBL-Targets; CHEMBL1075418 GDSC; 924108 PharmacoDB; CaR1_186_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_1116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54808598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0006548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM827225 GEO; GSM1374441 GEO; GSM1448170 GEO; GSM1669665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 873697
Cosmic; 924108 Cosmic; 1122321 Cosmic; 1184086 Cosmic; 1187300 IARC_TP53; 21665 IARC_TP53; 21735 Progenetix; CVCL_1116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD005235
PRIDE; PXD005354 PRIDE; PXD005355 PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 38 |