Cellosaurus SKM-1 (CVCL_0098)
Cell line name | SKM-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | SKM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_0098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: SKM-1 (RRID:CVCL_0098) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Population: Japanese. Doubling time: ~48 hours (PubMed=8136267); ~48 hours (DSMZ=ACC-547). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Caution: TP53 mutation indicated incorrectly as being at p.Tyr327His (c.981T>C) in PubMed=8136267. Derived from site: In situ; Peripheral blood; UBERON=UBERON_0000178. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Adult acute myeloid leukemia (NCIt: C9154) Myelodysplastic syndrome (NCIt: C3247) Acute myeloid leukemia (ORDO: Orphanet_519) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hierarchy | Children:
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Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 76Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP=909722; DSMZ=ACC-547; JCRB=JCRB0118; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=8136267; DOI=10.1111/j.1365-2141.1993.tb03334.x PubMed=8580805; DOI=10.3109/10428199509056841 DOI=10.1016/B978-0-12-221970-2.50457-5 PubMed=16408098; DOI=10.1038/sj.leu.2404081 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=21989985; DOI=10.1182/blood-2011-05-356204; PMCID=PMC3228503 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=27750403; DOI=10.1002/gcc.22430 PubMed=30285677; DOI=10.1186/s12885-018-4840-5; PMCID=PMC6167786 PubMed=30629668; DOI=10.1371/journal.pone.0210404; PMCID=PMC6328144 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | DSMZ; ACC-547
JCRB; JCRB0118 JCRB; NIHS0147 - Discontinued | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0037289
cancercelllines; CVCL_0098 Cell_Model_Passport; SIDM00380 Cosmic-CLP; 909722 DepMap; ACH-000373 DSMZCellDive; ACC-547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0006520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03470798
BioSample; SAMN03473113 BioSample; SAMN10988125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308216
ChEMBL-Targets; CHEMBL2366085 GDSC; 909722 PharmacoDB; SKM1_1418_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_0098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54954746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0006753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM482513 GEO; GSM887581 GEO; GSM888664 GEO; GSM1374880 GEO; GSM1446741 GEO; GSM1670435 GEO; GSM2124121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 787477
Cosmic; 909722 Cosmic; 975300 Cosmic; 1012119 Cosmic; 1078731 Cosmic; 1465964 Cosmic; 1551462 Cosmic; 2131566 Cosmic; 2750855 IARC_TP53; 27238 LiGeA; CCLE_537 Progenetix; CVCL_0098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 EGA; EGAS00001002554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 41 |